Do ponto de vista geomorfológico, Bom Despacho está inserido numa área que se apresenta mais baixa em relação às áreas limítrofes, pertencentes à denominada Depressão Sanfranciscana. Tal depressão está situada sobre rochas do Grupo Bambuí, que são conjuntos de rochas formadas por acumulação de sedimentos e que sofreram modificações ao longo do tempo. Os calcários e os siltitos são as rochas mais características desse grupo. Fazendo limite com a Depressão Sanfranciscana, encontram-se os Planaltos do Espinhaço, a leste, e os Planaltos do Oeste.

As cotas altimétricas mais elevadas são encontradas ao sul do município, atingindo 961 metros de altitude no Morro da Chapada, divisa com Moema, enquanto junto aos principais cursos de água (Rio São Francisco, Rio do Picão, Ribeirão Capivari) as cotas situam-se em torno de 600 metros de altitude.

No relevo da área estudada predominam as formas aplainadas, abrangendo as partes central, norte e noroeste do município. Nessas áreas também são observadas, as planícies fluviais dos Rios São Francisco, Picão, dos Machados, Lambari e Ribeirão Capivari, caracterizadas por terraços e várzeas, com ocorrência de áreas de permeabilidade acentuada, sujeitas a inundações periódicas.

A leste de Bom Despacho há ocorrência de colinas que podem ser de três tipos: com vertentes ravinadas, que constituem a segunda forma de relevo mais extensa no município, abrangendo toda a fronteira municipal leste e apresentando sulcos preferenciais (ravinas) para escoamento de água. Nestas colinas ocorre a erosão em lençol, provocada pela água da chuva que desce a vertente, concentrando-se nos ravinamentos e levando consigo a camada superficial do solo. Colinas com vertentes retilíneas, constituem aquelas que não mostram ravinamentos. E colinas com vertentes retilíneas ravinadas são as que apresentam ravinamento menos intenso, porém, também sujeitas a erosão em lençol.

Tais características geomorfológicas conferem a Bom Despacho uma topografia geral pouco acidentada.

No município, encontram-se três grandes unidades geológicas, ou seja, três conjuntos de rochas que possuem propriedades e gênese comuns :

· Complexo Basal Indiferenciado - constituído de rochas de origem vulcânica datadas do pré-cambriano ( mais de 570 milhões de anos atrás ). Apresenta rochas como gnáisses graníticos e os "bandados", granitóides de composição variada, migmatitos, quartzitos e quartzo-mica-xistos em alguns terrenos específicos;

· Unidade Quaternário - formada de rochas metassedimentares da Formação Paraopeba, como ardósias, siltitos e calcários. As rochas metassedimentares são formadas pelo metamorfismo (modificação) de outras rochas de origem sedimentar (depósitos de sedimentos) e foram datadas do Pleistoceno-Holoceno (de 1 milhão de anos atrás até nossos dias). Na base desses sedimentos, podem ser encontrados horizontes de seixos e fragmentos de quartzo, quartzitos e arenitos.

· Unidade Proterozóico Superior (de 1 000 a 570 milhões de anos atrás) - são formadas por estratificações do Supergrupo São Francisco, Grupo Bambuí e Formação Paraopeba com fáceis de transição; ocorrem rochas pelíticas e carbonáticas, com destaque para os siltitos calcíferos, siltitos ardosianos, ardósias, camadas de calcário, argilitos e metaconglomerados.